Nacionalinis socialinės integracijos institutas istorija prasidėjo dar prieš įsikuriant organizacijai
2006 – 2007 metais Lietuvoje buvo įgyvendinama kampanija „Visi skirtingi – visi lygūs“, orientuota į 3 pagrindines temas: diskriminacijos įveikimas bei įvairovės propagavimas, žmogaus teisių bei tarpreliginio, tarpkultūrinio dialogo skatinimas, visuomenės įgalinimą aktyviai dalyvauti kuriant demokratiją bei į žmogaus gerovę orientuotas veiklas.
Šias pagrindines temas kampanijos pradininkai realizavo pritaikydami novatoriškus metodus, kurie iki šių dienų yra plačiai žinomi ir naudojami neformaliam ugdymui darbe su jaunimu daugelyje Europos Tarybos šalių.
Pasibaigus kampanijai buvo atliktas tyrimas, kurio rezultatai parodė, kad kampanijos vertybės turi būti tęsiamos, o pasirinkti metodai yra efektyvūs ir reikalingi ugdant atvirą visuomenę. „Visi skirtingi – visi lygūs“ įgyvendintojai, susibūrė į iniciatyvinę grupę ir nutarė puoselėti bei tęsti kampanijos veiklas ir vertybės.